福清法院现有12个内设机构和9个人民法庭，包括综合办、审管办、立案庭、刑事庭、民一庭、民二庭、综合庭、家少庭、执行局、纪检监察组、督察室、法警大队和音西、宏路、东张、渔溪、江阴、海口、龙田、三山、高山9个人民法庭。
